Según quienes lo conocían, Minato era un ninja con mucho talento, al haber sido considerado un genio que aparece sólo una vez por generación. Se graduó en la Academia Ninja a la edad de diez años y fue introducido en un equipo de Genin bajo la tutela de Jiraiya. Este tuvo un interés especial en Minato y lo aceptó como aprendiz, le enseñó La Técnica de Invocación. En algún momento,Jiraiya le contó a Minato la profecía del Gran Sapo Sabio, creyendo que Minato podría ser el Niño de la Profecía.
kunai especiales, sin embargo A se sorprendió al ver que el ninja de Konoha apareció detrás de su hermano antes de darse cuenta de que Minato le había marcado antes. Impresionado por el hecho de que B había deducido la táctica de Minato y puso a este en una situación no favorable, ya que B tenia su espada apuntando hacia atrás donde aparecería él, Minato alabó a B por sus habilidades como shinobi y no por ser un Jinchūriki.oco después de la Tercera Guerra Mundial Shinobi, Minato fue electo como el Cuarto Hokage debido a que el Tercer Hokage decidió renunciar, asumiendo de esa manera las muertes y pérdidas ocasionadas durante la guerra antes mencionada. En el anime, poco después de la ceremonia celebrada, Minato envió a Kakashi a una misión consistente en ir a recibir un documento importante relacionado con el tratado de paz entreKonoha e Iwagakure. Sabiendo que Kakashi todavía se encontraba traumatizado por la muerte de Rin, Minato envió a Gai y a un grupo de ANBU como respaldo por si un incidente ocurría, demostrándose mas adelante que ésto fue una movida inteligente, ya que Kakashi fue atacado en el camino por varios shinobis, pero fue incapaz de defenderse por su trauma, además de que sufrió hiperventilación durante la batalla. Más tarde, Minato visitó a Kakashi en el hospital y decidió promoverlo a ANBU con la intención de que trabajara directamente bajo su tutela y puediese tenerlo supervisado. Posteriormente, en algún momento durante su reinado, Minato les enseñó el Jutsu del Dios Trueno Volador a sus guardias para facilitarles las tareas que él les encomendaba.
El día en que Naruto iba a nacer el Tercer Hokage preparó un lugar secreto fuera de la aldea para que se hiciera allí el parto. En el parto el sello que mantenía al Kyubi dentro de Kushina se debilitaría así que él estaría allí para evitar que el zorro escapase. Durante el parto le pregunta a Biwako si Kushina se encuentra bien ya que nunca había sentido tanto dolor y esta le dice que no entre en pánico, esa es la razón por la que una mujer tiene hijos, los hombres no pueden manejar el dolor.Más tarde Kushina quedaría embarazada y, luego de leer el libro de Jiraiya, donde el personaje principal se llamaba Naruto, Minato dijo que el protagonista era igual que Jiraiya. Fue entonces cuando Minato reveló que él y Kushina querían que su hijo fuera un shinobi como el del libro, y por eso decidieron ponerle el nombre de "Naruto". Minato señaló que Jiraiya seria el padrino de Naruto y este le preguntó si estaba sIeguro de que querría eso. Minato dijo que Jiraiya era un buen ejemplo para todos ellos y que no podía pensar en un shinobi mejor que él.
Inmediatamente después del parto Obito entra al cuarto matando a Biwako y a Taji. Captura a Naruto, lo tira al aire y cuando está a punto de clavarle un kunai Minato rápidamente lo salva, pero se da cuenta que la sabana que cubría a Naruto está llena de sellos explosivos así que la tira y escapa usando su técnica de tele-transportación llevando a Naruto a un lugar seguro. Mientras tanto Obito extrae al Kyubi de Kushina y lo domina con su Sharingan, haciendo que ataque la aldea. Minato vuelve por Kushina y la lleva junto a Naruto, luego se pone su traje de Hokage y se prepara para pelear.
Minato se dirige a las estatuas de los Hokages para evitar el ataque del Kyubi, el cual fue invocado en medio de la aldea por Obito. Después de haber desviado la bola bijuu con su jutsu espacio-tiempo, Obito aparece detrás de él, intentando llevarselo con una técnica similar a la del Cuarto Hokage, aunque este último consigue escapar al bosque, siendo seguido por Obito. Entonces Minato empieza a pelear contra el enemigo dejando en las manos de Hiruzen al Kyubi, hasta que Minato logra colocar un sello contrato en Obito haciendo que perdiera el control sobre Kyubi, causando que se retirara. A continuación este se dirige a las afueras de Konoha donde todos los ninjas de la aldea intentaban detener al bijuu, pero la bestia es inmovilizada por la invocación del Yondaime, Gamabunta, para detener el ataque del zorro y llevarla a otro lugar. La lucha prosiguió en el lugar donde se encontraba Kushina y Naruto, en donde su esposa intentaba devolver al zorro de nuevo a su cuerpo con lo último de su chakra para poder morir con él.
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